How to use NCBI database ---->sequence-->gene-->disease

I.Entrez Sequence Search

“Phenylalanine Hydroxylase” AND human[orgn] AND biomol_mrna[properties] NOT gbdiv_est[properties]

可以查到一段sequence

之後進行比對

Copy the Go to www.ncbi.nih.gov/BLAST/
Select “nucleotide blast” (blastn)

II: BLAST: mapping primer to the human genome

Upstream primer     5´-CCATGGCGACCCTGGAAAAGC-3´

Downstream primer 5 ´-CAGCAGCGGCTGTGCCTGCGG-3 ´

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/BlastGen/BlastGen.cgi?taxid=9606

CCATGGCGACCCTGGAAAAGC

NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

CAGCAGCGGCTGTGCCTGCGG

補N後 貼到BLAST的地方

Adjustments needed:
- Paste in converted primers
- Change database to: genome (reference only)
- Change program to blastn
- Increase Expect to 10
- Change filter to “None”
- Hit submit to search

之後就會得到結果

III.BLAST : sample domain search

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi

貼上sequence後比對



找資料的小技巧

Find genes by...	Search text
free text	canine babesiosis
partial name and multiple species	transporter[title] AND "babesia"[orgn]
chromosome and symbol	(II[chr] OR 2[chr]) AND Bb-1*[sym]
associated sequence accession number	M87566[accn]
gene name (symbol)	TRAP[sym]
publication (PubMed ID)	19721363[PMID]
Gene Ontology (GO) terms or identifiers	DNA binding[GO]
Genes with variants of medical interest
chromosome and species	Y[CHR] AND cattle[ORGN]
Enzyme Commission (EC) numbers	3.4.21.4[EC]

幫你的paper做統計

http://dan.corlan.net/medline-trend.html
這個網頁能幫你查詢你所要的相關paper在不同的年份有幾篇

之後就可以利用提供的數據去畫圖表啦

就是這樣啦

不然也有人提供程式碼  http://bio-geeks.com/?p=444

連圖表都自動畫好

不過我還是不太會用
大家參考參考吧

另外就是用ISI  Web of knowledge 

上面是以作者發表的篇數 來做統計

周末就是要拍

                                          醫院的空橋

今天去吃的晚餐

海鮮很新鮮的說

鯨吞燒

                無意中發現的一間店 生意好像不錯  下次找機會來吃看看

Molecular biology

一開始接觸就是從課本來的

Molecular biology is the study of biology at a molecular level. This field overlaps with other areas of biology and chemistry, particularly genetics and biochemistry. Molecular biology chiefly concerns itself with understanding the interactions between the various systems of a cell, including the interactions between DNA, RNA and protein biosynthesis as well as learning how these interactions are regulated.

分子生物學是以化學及物理學為基礎，在分子的階段探求細胞各種反應的科學，其發展至為迅速。
 生物資訊學為改變現代生物學研究方法的新利器。在人類基因組定序完成之後，其所釋放出的大量基因資訊，連帶將促使生物資訊學蓬勃發展，其寬廣的發展空間，勢必激發另一波的新世紀產業熱潮!生物資訊學是利用數學、計算機科學和生物學等各種工具，來分析大量生物數據的新興科學。利用生物資訊學的工具，發展出基因體學、生物晶片、蛋白質體學、電腦輔助藥物設計等，使得研究方法大為改變，一改傳統對單一的基因研究方式，同時大量分析多個基因，更能探索生命的全貌。

偽基說的如下   請勿相信
分子生物技術，英文為Molecular Biotechnology，它的意義很難懂，要清楚的瞭解的話，必須從字首字根的分解開始談起。

• 字首 Mole－，根據Engrish，L須代換成R，成為More－，表示愈來愈多的意思。字根－cular是從calculator演變而來，表示算數的意思。所以Molecular的中文涵意義是「數目變得很多」。
• 字首Bio－代表生物， technology表示術（這太簡單了）。所以Biotechnology的中文涵意義是「生物用的術」，這個術可能是體術，也可能是忍術或幻術。
• 所以合起來，Molecular Biotechnology就是「用在生物上的術，使得數目變成很多」，簡言之，就是「分身術」的意思！