Fun and mental are fundamental: 2010

2010年12月23日星期四

2010年12月2日星期四

MeV4

將Data做分類利用 tMeV來做clustering
首先用Load data將檔案傳進去
接下來開始做clustering
1.HCL
有sample tree

NO sample tree

接下來利用microarray data

做KMC

有Row adjustment

CAST

No adjustment

KMC

CASY

GDM

raio

2010年11月18日星期四

2010年10月21日星期四

How to use NCBI database ---->sequence-->gene-->disease

I.Entrez Sequence Search

“Phenylalanine Hydroxylase” AND human[orgn] AND biomol_mrna[properties] NOT gbdiv_est[properties]

可以查到一段sequence

之後進行比對

Copy the Go to www.ncbi.nih.gov/BLAST/
Select “nucleotide blast” (blastn)

II: BLAST: mapping primer to the human genome

Upstream primer 5´-CCATGGCGACCCTGGAAAAGC-3´

Downstream primer 5 ´-CAGCAGCGGCTGTGCCTGCGG-3 ´

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/BlastGen/BlastGen.cgi?taxid=9606

CCATGGCGACCCTGGAAAAGC

NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

CAGCAGCGGCTGTGCCTGCGG

補N後貼到BLAST的地方

Adjustments needed:
- Paste in converted primers
- Change database to: genome (reference only)
- Change program to blastn
- Increase Expect to 10
- Change filter to “None”
- Hit submit to search

之後就會得到結果

III.BLAST : sample domain search

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi

貼上sequence後比對

2010年10月14日星期四

找資料的小技巧

Find genes by...	Search text
free text	canine babesiosis
partial name and multiple species	transporter[title] AND "babesia"[orgn]
chromosome and symbol	(II[chr] OR 2[chr]) AND Bb-1*[sym]
associated sequence accession number	M87566[accn]
gene name (symbol)	TRAP[sym]
publication (PubMed ID)	19721363[PMID]
Gene Ontology (GO) terms or identifiers	DNA binding[GO]
Genes with variants of medical interest
chromosome and species	Y[CHR] AND cattle[ORGN]
Enzyme Commission (EC) numbers	3.4.21.4[EC]

2010年10月5日星期二

幫你的paper做統計

http://dan.corlan.net/medline-trend.html
這個網頁能幫你查詢你所要的相關paper在不同的年份有幾篇

之後就可以利用提供的數據去畫圖表啦

就是這樣啦

不然也有人提供程式碼 http://bio-geeks.com/?p=444

連圖表都自動畫好

不過我還是不太會用
大家參考參考吧

另外就是用ISI Web of knowledge

上面是以作者發表的篇數來做統計

2010年10月3日星期日

周末就是要拍

醫院的空橋

今天去吃的晚餐

海鮮很新鮮的說

鯨吞燒

無意中發現的一間店生意好像不錯下次找機會來吃看看

2010年10月1日星期五

Molecular biology is the study of biology at a molecular level. This field overlaps with other areas of biology and chemistry, particularly genetics and biochemistry. Molecular biology chiefly concerns itself with understanding the interactions between the various systems of a cell, including the interactions between DNA, RNA and protein biosynthesis as well as learning how these interactions are regulated.

分子生物學是以化學及物理學為基礎，在分子的階段探求細胞各種反應的科學，其發展至為迅速。
生物資訊學為改變現代生物學研究方法的新利器。在人類基因組定序完成之後，其所釋放出的大量基因資訊，連帶將促使生物資訊學蓬勃發展，其寬廣的發展空間，勢必激發另一波的新世紀產業熱潮!生物資訊學是利用數學、計算機科學和生物學等各種工具，來分析大量生物數據的新興科學。利用生物資訊學的工具，發展出基因體學、生物晶片、蛋白質體學、電腦輔助藥物設計等，使得研究方法大為改變，一改傳統對單一的基因研究方式，同時大量分析多個基因，更能探索生命的全貌。

偽基說的如下請勿相信
分子生物技術，英文為Molecular Biotechnology，它的意義很難懂，要清楚的瞭解的話，必須從字首字根的分解開始談起。

字首 Mole－，根據Engrish，L須代換成R，成為More－，表示愈來愈多的意思。字根－cular是從calculator演變而來，表示算數的意思。所以Molecular的中文涵意義是「數目變得很多」。
字首Bio－代表生物， technology表示術（這太簡單了）。所以Biotechnology的中文涵意義是「生物用的術」，這個術可能是體術，也可能是忍術或幻術。
所以合起來，Molecular Biotechnology就是「用在生物上的術，使得數目變成很多」，簡言之，就是「分身術」的意思！