NGS:Next Generation Sequencing

這次是由鄧老師來教我們認識NGS
這是由鄧老師所架設的網站可以用來分析NGS的DATA
DASP:Deep Sequencing Smallrna Analysis Pipeline
網址:http://dsap.cgu.edu.tw/

DEMO _LINK 點進去

可以再進一步去看更詳細的檔案

可以依照你的需求來做排列 如名字 或 表現量

 可以看跨物種的比較以及phylogenic分布

GO: the gene ontology

這是"GO"的網址:http://www.geneontology.org/
在下圖輸入你想找的gene

接下來我輸入CD44

選擇你的物種 Data來源

接下來按Browser

裡面有3個選項可以更進一步查詢: 分別是

biological

 Molecular

Cellular



STRING--->看protein-protein interaction

STRING 網頁:
http://string.embl.de/newstring_cgi/show_input_page.pl?UserId=OtTDdNLsOyOX&sessionId=XmR18k3OQNwf

填上protein的名字或是放上sequence，或是選擇多個protein也都可以使用

我查詢的是keratin 10
action view的model

protein之間有線，表示彼此間的關係

不同species之間同一個protein 的gene的演化相關性

                                                                                            

最後當然是把要的資料儲存起來

選一個你要的吧!!

melanie viewer--->2D spot 量化圖

MeV4

將Data做分類 利用 tMeV來做clustering
首先用Load data將檔案傳進去
接下來開始做clustering
1.HCL
有sample tree

NO sample tree

接下來利用microarray data

做KMC

有Row adjustment

CAST

No adjustment

KMC

CASY



GDM

raio

演化樹的結果

演化樹的結果

NJ tree

 ML tree

How to use NCBI database ---->sequence-->gene-->disease

I.Entrez Sequence Search

“Phenylalanine Hydroxylase” AND human[orgn] AND biomol_mrna[properties] NOT gbdiv_est[properties]

可以查到一段sequence

之後進行比對

Copy the Go to www.ncbi.nih.gov/BLAST/
Select “nucleotide blast” (blastn)

II: BLAST: mapping primer to the human genome

Upstream primer     5´-CCATGGCGACCCTGGAAAAGC-3´

Downstream primer 5 ´-CAGCAGCGGCTGTGCCTGCGG-3 ´

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/BlastGen/BlastGen.cgi?taxid=9606

CCATGGCGACCCTGGAAAAGC

NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

CAGCAGCGGCTGTGCCTGCGG

補N後 貼到BLAST的地方

Adjustments needed:
- Paste in converted primers
- Change database to: genome (reference only)
- Change program to blastn
- Increase Expect to 10
- Change filter to “None”
- Hit submit to search

之後就會得到結果

III.BLAST : sample domain search

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi

貼上sequence後比對